Det sidste kapitel i Databeskyttelsesforordningen samler de afsluttende bestemmelser. Artikel 94 ophæver det tidligere persondatadirektiv (95/46/EF), og henvisninger til direktivet skal nu læses som henvisninger til forordningen. Artikel 95 fastlægger forholdet til e-databeskyttelsesdirektivet (2002/58/EF), og artikel 96 lader internationale aftaler, som medlemsstaterne har indgået før den 24. maj 2016, forblive i kraft, indtil de ændres, erstattes eller ophæves.
Kapitlet forpligter også Europa-Kommissionen til at evaluere forordningen hvert fjerde år (artikel 97) og om nødvendigt foreslå ændringer af andre EU-retsakter om databeskyttelse (artikel 98). Endelig fastslår artikel 99, at forordningen trådte i kraft den 24. maj 2016 og har fundet anvendelse siden den 25. maj 2018.